Con un solo clic, Zotero ofrece la posibilidad de almacenar las referencias a partir de las colecciones de catálogos de bibliotecas (Biblioteca Luis Angel Arango, etc) y de bases de datos (Academic Search Premier, ScienceDirect, etc.) así mismo a partir de cierto sitios web. Zotero publca una lista "non exhaustive" de sitios compatibles.
Cuando haces una búsqueda de un libro o un artículo en un catálogo, una base de datos o un sitio como Amazon, Google Books o el New York Times, Zotero lo detecta automáticamente, usted verá arriba un ícono en forma de un libroo 
, de un artículo 
, etc. en la barra de herramientas de su navegador.
Basta dar clic sobre este ícono para que Zotero registre automaticamente la referencia.
Además, si usted se encuentra en una página que presenta una lista de resultados, Zotero puede presentar un ícono "carpeta 
". Al dar clic sobre dicha carpeta, una nueva ventana se abre listando todas las referencias que aparecen en la página consultada. Sólo basta, entonces, con seleccionar el registro que desee y guardarlo en tu biblioteca!
En ciertos casos, es posible encontrar bases de datos no compatibles con Zotero (ej: Literature Online, FIAF, etc), es decir que los recursos no permiten la recuperación de las referencias a través del icono en la barra de herramientas de Firefox.
No te preocupes por esto, Zotero ofrece múltiples posibilidades para recolectar referencias. Pues es perfectamente compatible con la gran mayoría de formatos utilizados por los demás gestores bibliográficos del mercado (Endnote, RefWorks, Reference Manager, JabRef, etc).
Así, cuando una base de datos no sea compatible con Zotero, verifique si ésta proporciona las funcionalidades de exportación de referencias (tales como: Direct export to Endnote, Download Citation, exportar las referencias al formato RIS, Bibtex, etc.).
Una vez guardado el archivo que contenga las referencias en tu equipo, se deben importar a Zotero a través de la opción (
> Importar).
Hemos visto que en algunas páginas web o bases de datos, es posible que Zotero no pueda capturar automáticamente la información concerniente a una referencia. Como último recurso, existe la posibilidad de agregar dichas referencias manualmente:
, Zotero recuperará al menos el título de la página web, el enlace a la página y la fecha de consulta. A continuación podrás editar y agregar la información restante de la referencia en el panel de la derecha (tipo de documento, autores, etc.).
y seleccionar el tipo de referencia (Artículo de revista, Artículo de magazine, capítulo de libro, documento, libro, etc.) a crear, y luego introduces manualmente toda la información concerniente a tu documento.